O método Pilates se baseia em fundamentos anatômicos, fisiológicos e cinesiológicos, e é compreendido em seis princípios:
Concentração: Durante todo o exercício a atenção é voltada para cada parte do corpo, para que o movimento seja desenvolvido com maior eficiência possível. Nenhuma parte do corpo não é importante e nenhum movimento é ignorado. A atenção dispensada na realização do exercício é destacada ao aprendizado motor, que é o grande objetivo da técnica. É importante colocar a atenção nos movimentos executados nos exercícios e unir a mente a cada um deles.
Controle: Define-se como controle do movimento o discernimento da atividade motora de agonistas primários numa ação específica. São agonistas, os músculos que ativam um movimento específico do corpo, eles se contraem ativamente para produzirem o movimento desejado. A coordenação é a integração da atividade motora de todo o corpo visando um padrão suave e harmônico de movimento. É importante a preocupação com o controle de todos os movimentos a fim de aprimorar a coordenação motora, evitando contrações musculares inadequadas ou indesejáveis.
Precisão: de fundamental importância na qualidade do movimento, sobretudo, ao realinhamento postural do corpo. Consiste no refinamento do controle e equilíbrio dos diferentes músculos envolvidos em um movimento, caso contrário eles perdem toda sua eficácia
Centralização: a este princípio Pilates chamou de Powerhouse ou centro de força, o ponto focal para o controle corporal. Constitui-se pelas quatros camadas abdominais: o reto do abdome, oblíquo interno e externo, transverso do abdome; eretores profundos da coluna, extensores, flexores do quadril juntamente com os músculos que compõe o períneo e o diafragma. Este centro de força forma uma estrutura de suporte, responsável pela sustentação da coluna e órgãos internos. O fortalecimento desta musculatura proporciona a estabilização do tronco e um alinhamento biomecânico com menor gasto energético aos movimentos.
Respiração: deve estar perfeitamente coordenada com os movimentos. Os movimentos são realizados no ritmo da respiração Pilates em seu trabalho enfatizava a respiração como o fator primordial no início do movimento, fornecendo a organização do tronco pelo recrutamento dos músculos estabilizadores profundos da coluna na sustentação pélvica e favorecendo o relaxamento dos músculos inspiratórios e cervicais. O ciclo deve ser sincronizado ocorrendo ao mesmo tempo da ação muscular, favorecendo o incremento da ventilação pulmonar, a melhora da oxigenação tecidual, conseqüentemente a captação de produtos metabólicos associados à fadiga.
Fluidez: Refere-se ao tipo de movimento, que deve ser de forma controlada e contínua, deve exibir qualidade de fluidez e leveza, que absorvam os impactos do corpo com o solo e que usam da inércia, contribuindo para a manutenção da saúde do corpo. Ao contrário movimentos truncados, pesados, que criam choques no solo, levam ao desperdício de energia, além de tornar os tecidos propensos ao desgaste prematuro.